Se partió de un trabajo inicial en el que se evaluaron algunos de los marcadores microsatélites (SSR) diseñados por Woeste (2002) para el nogal negro. Los resultados demostraron que éstos tenían un bajo poder discriminante en nuestra población. El hecho de tener que genotipar una población formada por medios hermanos, en los que participa una única madre y unos pocos padres, complica aún más el uso de marcadores usados en otras especies. Los microsatélites son regiones del ADN en las que las que determinada secuencias nucleotídicas se repiten en tándem. El tipo y número de repetición depende de la especie. Cada individuo tiene un patrón único de repeticiones, de ahí el gran poder discriminante de esta técnica. Otra característica que la hace muy potente es su alto grado de reproducibilidad, con lo que es fácil comparar resultados entre laboratorios. Por estas razones fue necesario afrontar la necesidad de diseñar marcadores de tipo SSR específicos para el híbrido Mj209xRa. Con este propósito se construyó una biblioteca genómica (genoteca) enriquecida en fragmentos con repeticiones CA/GA. A partir de ella se secuenciaron los clones en busca de regiones microsatélites y sus regiones flanqueantes (primers o cebadores, teniendo en cuenta que el ADN es una doble hélice, éstos van en parejas). Así se diseñaron con un sistema informático 360 parejas, de las que 87 pasaron a la fase de evaluación. Aunque finalmente se evaluaron con éxito 24 parejas, con sólo 10 de ellas es posible discriminar entre los nogales de nuestra población con una PI (probabilidad de identidad) en el orden 10^-16 (lo que significa que con este set de marcadores para encontrar 2 individuos con el mismo perfil genético tendríamos que muestrear una población de más 10 000 000 000 000 000 árboles).
Woeste KE, Burns R, Rhodes O, Michler C (2002) Thirty Polymorphic Nuclear Microsatellite Loci from Black Walnut. The Journal of Heredity. 93 (1): 58-60
También con el objetivo de establecer el perfil genético de los cerezos, decidimos utilizar este mismo tipo de marcadores genéticos. Sin embargo la estrategia fue completamente diferente al nogal porque, a diferencia de éste, existen una gran cantidad de marcadores diferentes publicados para el género Prunus. Siendo así, luego de una amplia revisión bibliográfica, elegimos un surtido de los 18 microsatélites más polimórficos (mientras más polimórfico, mayor capacidad de discriminación). De ellos, 14 funcionaron perfectamente bien en nuestra población, con un poder discriminante del orden de 10^-14.